１）特定のハンドル名に対して意見したり批判することは名誉毀損罪に当たるのでしょうか？
２）特定ユーザーのidと別のidを結びつけることは名誉毀損罪に当たるのでしょうか？

1)公益性がないかぎり、事実であっても名誉毀損です。
2)場合によっては名誉毀損です。
２の場合、俺の場合とかは名誉毀損ですよね。
意識の低い人がいていい迷惑。
多いに反省してほしい。